Le réseau Natura 2000 repose sur deux conceptions : le développement durable et le maintien de la biodiversité.
Natura 2000 a ainsi pour principal objectif de préserver la biodiversité en tenant compte des exigences économiques, sociales, culturelles et locales, ce qui implique :
- de maintenir ou rétablir les habitats et les espèces d'intérêt communautaire dans un état de conservation favorable
- d'engager la conservation du patrimoine naturel en liaison avec le maintien des activités humaines dans une perspective de développement durable
Ces objectifs n'ont pas vocation à mettre en place des sanctuaires de nature interdits à toute activité humaine. En effet, les espaces proposés pour intégrer le réseau Natura 2000 sont souvent le support d’activités fortement impliquées dans un tissu économique local (agriculture, pêche, tourisme rural…) qui peut contribuer à la préservation du patrimoine naturel et à la qualité de la vie rurale par une exploitation raisonnée des territoires et des ressources. Par conséquent, le but est de promouvoir une gestion concertée et assumée par tous les acteurs intervenant sur les espaces naturels, à travers un échange d'acquis en matière de protection et de génie écologique.