Deux Directives constituent le support du réseau européen Natura 2000.
La Directive "Habitats"
Cette Directive (n°2006/105/CE modifiée du 20 décembre 2006) vise la conservation des habitats naturels de la faune et de la flore sauvage. Elle prévoit la création d'un réseau écologique européen composé de Zones Spéciales de Conservation (ZSC) désignées sur la base de critères scientifiques. Elle comporte 6 annexes (liste des habitats et espèces concernées, critères de sélection...).
La Directive "Oiseaux"
Cette Directive (n°2009/147/CE modifiée du 30 novembre 2009) a pour objet la conservation des oiseaux sauvages menacés à l'échelle européenne, et prévoit la protection des espèces ainsi que des habitats nécessaires à leur reproduction et à leur survie. Des Zones de Protection Spéciales (ZPS) sont créées à cet effet. La Directive est composée de 7 annexes (liste des espèces, gestion de certaines populations, études/suivis à mettre en oeuvre...).
La finalité est de créer un réseau écologique européen cohérent destiné à préserver la biodiversité en assurant le maintien ou le rétablissement dans un état de conservation favorable les habitats naturels et habitats d’espèces d’intérêt communautaire. En décembre 2013, le réseau couvrait plus de 18 % de l'Union Européenne, soit 27 308 sites répartis sur 104 millions d'hectares (dont 25 marins) (MEDDE).