Les habitats d’intérêt communautaire (annexe I de la Directive Habitats) sont, dans le cadre de la procédure Natura 2000, des milieux à préserver. Ils sont en voie de raréfaction voire de disparition à l’échelle de l’Europe. En Bretagne, une cinquantaine y ont été recensés. Pour décrire les habitats, il existe une nomenclature officielle, qui identifie et décrit tous les habitats génériques (ex : code 1110) présents sur le territoire communautaire. Ce référentiel européen est complété par la nomenclature française des Cahiers d'habitats, qui décline les habitats génériques en habitats élémentaires (ex : code 1110-2).
Sur le site Natura 2000, 19 habitats génériques et 33 habitats élémentaires ont été recensés. Le site est notamment caractérisé par un complexe particulier mer/cordon dunaire/étangs arrière-dunaires, typique à Trégunc.
Les principaux habitats génériques que l'on retrouve sur le site sont :
> les criques et baies peu profondes
> les fonds marins sableux de faible profondeur, dont les bancs de maërl et les herbiers de zostères
> les estrans sablo-vaseux
> les récifs
> la lagune côtière
> les végétations dunaires (dune embryonnaire, dune blanche à Oyat , dune grise/fixée)
> la végétation des falaises
> les prés salés
> les étangs
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