Face à l'érosion généralisée de la biodiversité marine, l'Union Européenne a décidé de se doter pour fin juin 2008 d'un réseau cohérent d'aires marines protégées, le réseau Natura 2000 en mer. L'objectif est que ces zones assurent le maintien ou la restauration en bon état de conservation des habitats marins et des espèces marines des Directives "Habitats" et "Oiseaux". Le choix des sites vise une représentativité au regard des habitats et des espèces, en superficie ou en nombre, et en terme de fonctionnalité de ces zones (aire de reproduction, d'alimentation ou de migration par exemple). L'atteinte de ces objectifs repose sur les mêmes principes que Natura 2000 sur terre, à savoir une gouvernance participative et une intégration de la politique de préservation de la biodiversité à l'ensemble des activités économiques et sociales.